Mais au début de la seconde guerre, l'aviation devient impraticable et les planeurs du club sont cachés chez un menuisier. En 1943, les aéroclubs sont dissous lors de l'occupation allemande et le terrain d'aviation (alors situé au bord de l'Aisne, à St Crépin) est transformé en jardin ouvrier.
C'est un ingénieur et résistant, Marcel Pierre, qui va créer l'Aéro-club de Soissons sous la forme d'un club d'aéromodélisme. Les vols reprendront en 1944, et M. Pierre sera le président de l'Aéro-club de Soissons jusqu'en 1955.